Después de vivir días de paz en el dojo Kamiya, Kenshin Himura se encuentra en una encrucijada crucial, ya que su juramento de nunca volver a quitar una vida será puesto a prueba como nunca antes.Tras el asesinato de su antiguo comandante, Kenshin se ve obligado a retomar el camino de la violencia y la sangre para detener a Makoto Shishio, un prodigio del asesinato que se autoproclama sucesor del legendario Battousai. Con la ambición de derrocar al gobierno Meiji y establecer su dominio desde Kyoto, Shishio ha conspirado durante una década, formando un poderoso ejército antigubernamental.Ahora, Shishio busca reclutar a Aoshi Shinomori, un asesino implacable y exlíder del legendario grupo de guerreros Oniwaban.Durante su viaje a través de una aldea abandonada por el gobierno y sometida al dominio férreo de los secuaces de Shishio, Kenshin está decidido a evitar que el país vuelva a sumirse en una guerra civil. Para ello, forja una alianza temporal con su antiguo rival, Hajime Saitou, en una batalla contra el imperio de Shishio que definirá el destino del Japón moderno.