Shinichi Kudou es un estudiante de secundaria con un talento excepcional para la investigación criminal, reconocido por haber resuelto numerosos casos complejos a una edad temprana. Sin embargo, su vida da un giro inesperado cuando presencia una actividad ilegal mientras sigue a dos hombres sospechosos. Descubierto por los delincuentes, Shinichi es forzado a ingerir un extraño fármaco experimental creado por una organización secreta, que supuestamente lo llevaría a la muerte.Pero en lugar de morir, Shinichi despierta para descubrir que su cuerpo ha sido reducido al de un niño de siete años. Conservando intacta su brillante inteligencia, decide mantener en secreto su verdadera identidad, incluso frente a su amiga de la infancia Ran Mouri y su padre, el torpe detective privado Kogorou Mouri.Adoptando el nombre de Conan Edogawa —en honor a los célebres escritores de misterio Arthur Conan Doyle y Edogawa Ranpo—, Shinichi comienza a resolver casos detrás de escena, utilizando a Kogorou como fachada mientras reúne pistas sobre la misteriosa organización responsable de su transformación. Su objetivo: descubrir la verdad, desmantelar a los culpables y recuperar su cuerpo original.