Another sigue la historia de Koichi Sakakibara, un chico que se traslada al instituto Yomiyama North. Allí conoce a Mei Misaki, una estudiante aparentemente tranquila y tímida a la que muchos de sus compañeros de clase e incluso la maestra ignoran. Sin embargo, la calma de la escuela se ve perturbada cuando una serie de sucesos extraños comienzan a ocurrir, con estudiantes y profesores muriendo de manera grotesca y horrenda. Koichi comienza a investigar la historia de la escuela y descubre que todo está relacionado con una estudiante muy popular llamada Misaki, quien murió repentinamente en 1972.