Escondido entre las montañas, cerca de la prestigiosa Escuela Secundaria Kunugigaoka, se encuentra un pequeño edificio deteriorado que alberga a los marginados y problemáticos de la Clase 3-E. Menospreciados por sus compañeros, los estudiantes de esta clase parecen tener pocas esperanzas de avanzar en sus carreras académicas. Eso es, hasta que el gobierno nacional les asigna la tarea de eliminar la mayor amenaza para el planeta: su nuevo profesor.Habiendo destruido ya la Luna, el profesor con forma de pulpo—apodado "Koro-sensei"—ha amenazado con destruir la Tierra antes de marzo del próximo año. Sin embargo, llevar a cabo esta misión resulta más difícil de lo que parece. No solo puede moverse a velocidades de hasta Mach 20, sino que también es resistente a casi todas las armas terrestres. Irónicamente, también resulta ser uno de los mejores maestros que la Clase 3-E ha tenido jamás. Entrenando a sus alumnos para que se destaquen tanto en sus estudios como en sus habilidades como asesinos, Koro-sensei confía en que la creatividad y la voluntad inquebrantable de sus estudiantes podrían devolverlos al campus principal.A través del ensayo y error, Nagisa Shiota y los demás alumnos de la Clase 3-E deberán descubrir las debilidades de Koro-sensei—y rápido, pues el destino del mundo está en juego.