Al regresar de sus vacaciones de verano, los estudiantes de la Clase 3-E de la prestigiosa Escuela Secundaria Kunugigaoka se enfrentan a probabilidades imposibles. Ante la inminente posibilidad de la aniquilación mundial, los alumnos deben idear métodos cada vez más elaborados y creativos para asesinar a su maestro: el astuto, pero optimista y servicial, Koro-sensei.Sin embargo, eliminar a Koro-sensei no es el único objetivo del que deben preocuparse. Gakuhou Asano, el despiadado y cruel director de la academia, busca impedir el éxito de la Clase 3-E lavando el cerebro a sus otros estudiantes diligentes, convirtiéndolos en máquinas de estudio despiadadamente competitivas. La hostilidad comienza a crecer mientras traidores y asesinos intentan reclamar por su cuenta la recompensa por la cabeza de Koro-sensei.Nagisa Shiota, uno de los asesinos más hábiles de la Clase 3-E, se encuentra en medio del conflicto. Mientras lucha por mantener su rendimiento académico y evitar el fin del mundo, problemas personales amenazan con apartarlo de la clase. Junto a sus dedicados compañeros, deberá enfrentarse directamente a las amenazas que los rodean.