A finales del siglo XIX, cuando los tiempos crueles del período Bakumatsu llegaban a su fin, una nueva era Meiji marcó el inicio de la restauración para Japón. Con la guerra concluida, su infame héroe, Hitokiri Battousai, desapareció sin dejar rastro, quedando solo su leyenda en la memoria del pueblo.Años después, un aparente vagabundo llamado Kenshin Himura se cruza con Kaoru Kamiya, propietaria de un dojo local en decadencia ubicado en Tokio. Kaoru persigue a un impostor que se hace pasar por Battousai y que ha estado asesinando indiscriminadamente a ciudadanos y oficiales de policía. Para empeorar la situación, el criminal afirma usar el estilo de espada Kamiya Kasshin-ryu, una técnica desarrollada por el padre de Kaoru que se basa en proteger la vida, no en quitarla.Kenshin decide ayudar a Kaoru a desenmascarar al impostor y restaurar el honor de su dojo. Sin que nadie lo sospeche, él es en realidad el verdadero Battousai, aquel cuya sola mención aún infunde temor. Aunque Kaoru finalmente descubre su identidad, se conmueve por el juramento de Kenshin: redimirse de su sangriento pasado protegiendo a los débiles sin matar. Lo acoge en su dojo, pero pronto el pasado de Kenshin volverá a perseguirlo y pondrá a prueba sus convicciones ante enemigos nuevos y viejos.