La historia trata de un joven, el mayor asesino de la era Tokugawa hasta la Restauración Meiji, apodado Battousai. Este joven llamado Kenshin Himura, decide no volver a matar gente para poder pagar de alguna forma los asesinatos que cometió y decide proteger a las personas a su alrededor con la técnica más aterradora y poderosa que ha existido: el Hiten Mitsurugi Ryū, aprendida gracias al adiestramiento de su maestro Hiko Seijūrō, que lo acogió cuando era pequeño tras sobrevivir en el asesinato de la caravana de esclavos en que se encontraba donde tres hermanas lo adoptaron como hermano menor. Esta técnica, aunque mortal, permite un control perfecto de la fuerza que se aplica al ejecutar los movimientos y puede ser utilizada con la espada que Kenshin porta, con el filo invertido, desde el inicio de la Restauración.