Han pasado dos años desde la redada del CCG en Anteiku. Aunque el ambiente en Tokio ha cambiado drásticamente debido al creciente poder de la Comisión contra los Ghouls, los ghouls siguen representando un problema, actuando con mayor cautela. En especial, la organización terrorista Aogiri Tree reconoce ahora la amenaza que representa el avance del CCG para su supervivencia.La creación de un equipo especial, conocido como el Escuadrón Quinx, podría ser el impulso que necesita el CCG para exterminar a los habitantes no deseados de Tokio. Se trata de humanos que, tras someterse a una cirugía, han adquirido habilidades especiales propias de los ghouls, y participan en operaciones para erradicar a estas peligrosas criaturas. El líder del grupo, Haise Sasaki, es un híbrido entre ghoul y humano entrenado por el famoso investigador de clase especial Kishou Arima. Sin embargo, hay más en este joven de lo que aparenta, pues recuerdos desconocidos comienzan a aflorar, recordándole lentamente a la persona que alguna vez fue.